A respiração microbiana quantifica o CO2 liberado pelos microrganismos heterotróficos ativos no solo. A evolução do CO2 do solo varia de acordo com a atividade realizada pelos microrganismos e pode ser influenciada por diversos fatores. A partir da relação respiração e CBM, obtemos o quociente metabólico (qCO2) – onde valores mais elevados representam menor eficiência metabólica, sendo necessária uma respiração mais intensa para a manutenção da biomassa microbiana decorrente de uma condição estressante à comunidade microbiana.